A japánok által ismert világ a XVI. Században Kínára, Koreára, Indiára és más délkelet – ázsiai országokra korlátozódott, Európáról még nem sokat tudtak.
1543-ban (más adatok szerint 1542-ben) egy dél – kjúsúi szigetre, Tanegasimára felsodródott egy portugál hajó. A japánok figyelmét megragadta a portugálok tűzfegyvere, a kanócos puska, amit azonnal lemásoltak, sőt tökéletesítettek. A lőfegyverek jobban elterjedtek Japánban, mint a korabeli Európában. Nem sokkal később már megjelent az ágyú is Japánban.
A portugálok ezt követően 1546-ban ismét megjelentek három hajóval a dél – kjúsúi kikötőben. Ezután rendszeresen behajóztak Japánba, egészen a spanyolok megérkezéséig (1587) monopolizálták a japán kereskedelmet, amiből hatalmas hasznuk származott.
Japán és Kína között akkoriban a Ming – kormány tilalma miatt nem volt közvetlen érintkezés, így a portugálok a Kína és Japán közti közvetítő kereskedelem lebonyolítói lettek.
A japánok az európaiakat „dél felől jött barbár idegeneknek”, nanbandzsinoknak nevezték. A nanbandzsinokkal folytatott kereskedelemben Japán főként ezüstöt, vörösrezet, aranyport exportált. Kínai selyemszálat, selyemszövetet, cukrot, gyógyszert, valamint európai puskát, gyapjúszövete, üveget importált, és ekkor került az országba először dohány is.
A portugálokkal folytatott kereskedelem következtében a Japán gazdaság fellendült és bekapcsolódott a világgazdaságba. A selyemszál import nagy ívben fellendítette a selyemszövést, a bányatermékek exportja pedig a bányászatot.
1549-ben érkezett Japánba, a dél – kjúsúi Kagosimába Xavéri (Szent) Ferenc († 1552) jezsuita hittérítő. Úti vezetője egy Jedzsiró nevű japán volt, akivel Malakkában találkozott. A szerzetes vitte be először a kereszténységet Japánba. A kjúsúi Hiradóban és Nagaszakiban, valamint Jamagucsiban és Kiotóban hirdette a keresztény tanokat.
A Japánban két évet töltött, ezt megelőzősen hét évet töltött Indiában, majd Kínába akart menni, hogy ott folytassa térítő tevékenységét. Öt mérföldre Kanton kikötőjétől 1552. November 20.-án láz vett erőt rajta és egy ügyetlen érvágás tovább súlyosbította állapotát. Kétheti betegség után december 2.-án halt meg. Testét először Malakkába szállították, ahol azonnal megszűnt az addig dühöngő pestis. Állandó nyugalomra Goa templomában helyezték, és amikor sírját 1744-ben felbontották, testét egészen sértetlenül találták.
Xavéri Ferenc után folyamatosan érkeztek hittérítők Japánba, jezsuitákon kívül ferencesek, dominikánusok, Ágoston-rendiek. A kjúsúi daimjók védelmezték a kereszténységet, mert kereskedelmi hasznot reméltek az idegenekkel való kapcsolatból. A misszionáriusok nemcsak térítettek, hanem kórházakat, árvaházakat alapítottak, így próbálva teret nyerni a Japán társadalomban. Nyomdagépeket vittek magukkal és keresztény szövegeket nyomtattak. Keresztény templomokat és iskolákat alapítottak, egy hittérítő 1581-ben kelt levele szerint a keresztény egyház Japánban 150 000 hívőt számlált, ez a szám a XVII. századra 700 – 750 000 főre emelkedett.
Három keresztény hitre tért kjúsúi daimjó, Ómura ,Ótomo és Arima 1582-ben követségbe ment a római pápához. Nyolc év múlva értek vissza Japánba, ahol addigra támogatóik meghaltak, a kereszténységet pedig betiltották.
1603-ban a Tokugava sógunátus megalapítója Tokugava Iejaszu nem gördített akadályt a keresztény térítés elé. 1613-ban újabb követet küldtek a pápához, valamint a spanyol királyhoz, 1620-ra ért vissza Japánba, akkorra a kereszténységet újra betiltották.
